Клонированные солдаты годами сражались за Республику, но после прихода Палпатина к власти им приказывают уничтожить прежних союзников. Бойцы экспериментального отряда 99 замечают, что происходящее противоречит всему, чему их учили. Командир Охотник решает бежать с Камино. Вместе с ним уходят силач Громила, специалист по технике Тех и бывший солдат Эхо. С ними отправляется Омега, девочка-клон, выросшая в лаборатории. Только меткий стрелок Кроссхейр выбирает службу Империи. В бегах отряд выполняет задания для посредников и всё чаще вмешивается в планы новых властей. Солдаты помогают капитану Рексу, спасают мирных жителей и видят, как имперские офицеры избавляются от опытных клонов. Разрушение Камино окончательно лишает бойцов возможности вернуться домой. Омега осваивает оружие, учится летать и постоянно настаивает, что должна участвовать в операциях вместе со взрослыми. Отдых на острове Пабу кажется шансом устроить мирную жизнь, но прошлое не отпускает беглецов. Во время операции на Эриаду Тех обрывает крепление вагона и погибает, чтобы остальные смогли спастись. Вскоре имперские военные похищают Омегу. Её доставляют на гору Тантисс, где доктор Хемлок проводит секретные исследования. Там она встречает Кроссхейра, попавшего в немилость командованию. Вместе они находят путь на свободу, после чего Кроссхейру приходится вновь заслуживать доверие отряда. Хемлок продолжает охоту за Омегой и находит её на Пабу. Чтобы защитить жителей, она сдаётся врагу. Охотник и его спутники отправляются в горный комплекс, где держат не только клонов, но и детей, ставших объектами экспериментов. Омега организует побег изнутри, а Эхо помогает проникнуть на базу. Во время столкновения Хемлок погибает, а заключённые получают свободу. Отряд возвращается на остров. Когда Омега вырастает, она покидает Пабу на собственном корабле и присоединяется к борьбе против Империи.
