После очередной регенерации Доктор Кто неожиданно принимает облик, который уже когда-то носил. Вместо совершенно нового лица он снова выглядит как Четырнадцатый Доктор Кто и не понимает, почему это произошло. Ответ приходится искать на Земле. Здесь Доктор Кто вновь встречает Донну Ноубл, свою бывшую спутницу. Когда-то она путешествовала вместе с ним в ТАРДИС, но после событий, угрожавших её жизни, Доктор был вынужден стереть воспоминания Донны о совместных приключениях. Теперь Донна живёт с мужем Шоном и дочерью Роуз. Она не помнит Доктора, но ощущает, что в её прошлом существует какая-то важная потерянная часть. Их случайная встреча происходит именно тогда, когда в Лондоне появляется новая опасность. Доктор старается держаться от Донны подальше. Он знает, что возвращение воспоминаний может её убить. Но происходящее вокруг не оставляет возможности просто уйти. Вместе они снова оказываются втянуты в события, связанные с инопланетными существами. Донна постепенно возвращается к жизни, которую когда-то забыла. Одновременно Доктор Кто пытается понять, почему регенерация вернула ему старое лицо и почему именно сейчас судьба снова свела его с бывшей спутницей. После нового путешествия они оказываются на краю Вселенной. Здесь Доктор Кто и Донна сталкиваются с существами, способными принимать чужую внешность и копировать поведение людей. Оказавшись практически без помощи, им приходится самим определять, кому можно доверять. Возвращение на Землю тоже не приносит спокойствия. По всему миру люди начинают вести себя агрессивно, а за происходящим обнаруживается старый противник Доктора, которого он не встречал очень давно. Им становится Игрушечник. Для него происходящее является очередной игрой, а человеческие жизни превращаются в её часть. Доктор понимает, что обычными способами остановить такого противника будет трудно. Именно во время этой встречи происходит ещё одно неожиданное изменение. Появляется Пятнадцатый Доктор Кто. Теперь перед Донной находятся сразу два воплощения одного Повелителя Времени. Четырнадцатый Доктор Кто получает возможность остановиться и остаться рядом с людьми, которых считает семьёй, а Пятнадцатый отправляется дальше. Новое путешествие начинается со знакомства с Руби Сандей. Руби выросла в приёмной семье и ничего не знает о своих настоящих родителях. Её нашли младенцем возле церкви на Руби-роуд в канун Рождества. Происхождение девушки остаётся загадкой. Встреча с Доктором начинается после появления странных существ, которые вмешиваются в жизнь Руби и её семьи. Доктор Кто помогает ей разобраться с происходящим, после чего приглашает в ТАРДИС. Руби соглашается. Вместе они начинают путешествовать по времени и пространству. Одна из первых поездок переносит их на космическую станцию, где группа младенцев осталась практически без взрослых. Затем ТАРДИС доставляет друзей в Англию времён музыкальной группы The Beatles. Но история развивается совсем не так, как должна. Музыка начинает исчезать из мира, а Доктор Кто встречает Маэстро, могущественное существо, способное управлять звуками и использовать их силу. В других путешествиях Доктор Кто и Руби оказываются на далёкой планете, где солдаты ведут странную войну, и в Уэльсе, где исчезновение Доктора Кто заставляет Руби самостоятельно столкнуться с необъяснимым явлением. Каждое новое место приносит совершенно другую проблему. При этом тайна рождения Руби продолжает сопровождать их. Доктор Кто пытается выяснить, кем была женщина, оставившая младенца возле церкви. Даже ТАРДИС не сразу помогает получить ответы. Постепенно появляются и другие странности. В разных эпохах Доктор Кто и Руби встречают одну и ту же женщину, хотя каждый раз она занимает совершенно другое место в происходящих событиях. Доктор Кто замечает повторение, но долго не может объяснить его причину. След приводит его к организации ЮНИТ. Здесь он снова встречает знакомых союзников и узнаёт, что за многочисленными совпадениями скрывается значительно более серьёзная угроза. В жизнь Доктора Кто возвращается старый противник. Его появление связано с событиями, начавшимися задолго до знакомства с Руби. Теперь опасность распространяется далеко за пределы одной планеты. Доктору Кто приходится одновременно искать способ остановить врага и разобраться в происхождении своей спутницы. Но даже после полученных ответов путешествия не заканчиваются. ТАРДИС остаётся готовой к новому полёту, а Доктор Кто продолжает встречать людей и существ, способных изменить привычный ход истории.
