Галактическая Республика ведёт войну против сепаратистов, которые стремятся выйти из её состава и создать собственное государство. Граф Дуку руководит армиями боевых дроидов, а джедаи становятся генералами войск клонов. Сражения охватывают десятки планет, пока канцлер Палпатин постепенно расширяет свои полномочия под предлогом защиты Республики. Энакин Скайуокер вместе с Оби-Ваном Кеноби участвует в самых опасных операциях. Во время битвы на Кристофсисе к ним присоединяется юная Асока Тано, назначенная ученицей Энакина. Поначалу он не готов стать наставником, но постепенно привыкает к самостоятельному характеру девушки. Вместе они освобождают захваченные территории, спасают мирных жителей и противостоят войскам сепаратистов. Во время военных походов Асока знакомится с капитаном Рексом, командиром Коди и другими клонами. Она видит, как солдаты рискуют жизнью ради выполнения приказов, и постепенно начинает воспринимать их как отдельных людей, а не одинаковых бойцов. Энакин тоже дорожит своими подчинёнными и нередко нарушает распоряжения командования, чтобы избежать ненужных потерь. Тем временем генерал Гривус атакует республиканские флоты, а граф Дуку использует Асажж Вентресс для тайных операций против джедаев. После предательства Дуку Вентресс возвращается на Датомир и вступает в союз с ведьмами Ночи. Их попытки отомстить ситху приводят к появлению Саважа Опресса, который впоследствии разыскивает своего брата Дарта Мола. Оби-Ван оказывается втянут в события на Мандалоре, где герцогиня Сатин Крайз пытается сохранить независимость планеты от обеих воюющих сторон. Однако радикальная группировка «Дозор смерти» стремится свергнуть её правительство. Позднее Дарт Мол объединяет преступные организации, захватывает власть на Мандалоре и устраивает ловушку для Оби-Вана. Их столкновение заканчивается гибелью Сатин, а сам Мол становится противником не только джедаев, но и Дарта Сидиуса. Пока война продолжается, Энакин всё чаще сомневается в решениях Совета джедаев. Его беспокоит, что Орден, призванный защищать мир, постепенно превращается в часть военной системы. Асока тоже сталкивается с несправедливостью, когда её обвиняют во взрыве в Храме джедаев. Энакин находит настоящую виновницу, Баррисс Оффи, но Совет успевает исключить Асоку из Ордена. После оправдания девушка отказывается возвращаться, утратив доверие к своим наставникам. В армии клонов тем временем происходят тревожные события. Солдат Тап неожиданно убивает джедая во время выполнения задания, а его товарищ Файвз начинает расследование. Он обнаруживает, что в мозг каждого клона внедрён специальный чип, предназначенный для выполнения секретного приказа. Файвз пытается предупредить Энакина и капитана Рекса, но заговор Палпатина остаётся нераскрытым. Покинув Орден, Асока некоторое время живёт на нижних уровнях Корусанта, где знакомится с сёстрами Трейс и Рафа Мартез. Вместе с ними она оказывается втянута в опасную историю, связанную с контрабандистами и преступным синдикатом пайков. Эти события помогают Асоке увидеть, как война и решения джедаев отражаются на жизни обычных людей. Позднее Бо-Катан Крайз обращается к Асоке за помощью в освобождении Мандалора от власти Дарта Мола. Девушка возвращается к республиканским войскам и вместе с капитаном Рексом возглавляет операцию против сторонников бывшего ситха. Энакин передаёт ей световые мечи, а солдаты 332-й роты раскрашивают свои шлемы в знак уважения к бывшему командиру. Во время осады Мандалора Асока вступает в поединок с Молом и берёт его в плен. Однако вскоре Палпатин отдаёт приказ 66, заставляющий клонов уничтожать джедаев. Рекс пытается сопротивляться действию управляющего чипа, но теряет контроль над собой. Асоке удаётся обезвредить капитана и удалить устройство, после чего они вместе пытаются спастись с корабля, где остальные солдаты получили приказ убить её. Тем временем Энакин переходит на сторону Палпатина и становится Дартом Вейдером. Республика прекращает существование, а вместо неё возникает Галактическая Империя. Большинство джедаев погибает, и лишь немногим удаётся скрыться от преследования. Асока и Рекс переживают крушение республиканского корабля и устраивают символические похороны погибших клонов. Оставив позади световые мечи и прежнюю жизнь, они расходятся, чтобы скрыться от новой власти. Позднее Дарт Вейдер находит место катастрофы и обнаруживает один из мечей Асоки, напоминающий ему об ученице, которую он потерял ещё до падения Республики.
