Ханна выросла вдали от людей, в лесной хижине, где её единственным близким человеком был Эрик Хеллер. Он научил девушку добывать пищу, бегать на большие расстояния, обращаться с холодным и огнестрельным оружием и мгновенно реагировать на угрозу. Ханна не ходила в школу и не общалась со сверстниками. Эрик утверждал, что за пределами леса их подстерегает опасность, но не рассказывал, кто именно их преследует. Когда Ханна впервые отправляется исследовать окружающий мир без разрешения, её замечают сотрудники разведки. Марисса Виглер, агент ЦРУ, много лет занимавшаяся поисками девушки, организует захват. Эрик успевает договориться с Ханной о встрече в Берлине, однако её саму увозят на секретный объект в Марокко. Она обезвреживает охранников и сбегает. По дороге Ханна знакомится с Софи, которая вместе с семьёй путешествует по Европе, и впервые узнаёт, как живут девушки её возраста. Встреча с Софи заставляет Ханну усомниться в правилах, установленных Эриком. Ей хочется заводить друзей и самой принимать решения. В Берлине она находит его, но вскоре узнаёт, что он не её родной отец. Раскрывается история секретного эксперимента, в котором младенцев изменяли и воспитывали для будущей службы в специальных подразделениях. Мать Ханны, Йоханна, попыталась забрать дочь из программы. Эрик помог ей бежать, но Йоханна погибла, а он долгие годы скрывался с девочкой в Польше. Марисса прежде участвовала в уничтожении следов этой программы, известной как «Утракс». Она уверена, что проект давно закрыт, пока не обнаруживает действующий центр подготовки нового поколения девушек. Эрик и Ханна решают проникнуть туда. Они пытаются объяснить воспитанницам, что те стали участницами опасного эксперимента, но почти все остаются под контролем инструкторов. Сбежать соглашается только Клара Махан. Во время операции Эрик получает тяжёлые ранения и вскоре умирает, успев помочь девушкам уйти. После смерти Эрика Ханна пытается заботиться о Кларе и не позволить агентам вернуть её в программу. Однако Клара стремится найти женщину, которая её родила, и это желание приводит её обратно к сотрудникам «Утракса». Её помещают в тренировочный центр «Медоуз», где воспитанниц учат изображать обычных подростков. Каждой присваивают имя, придумывают биографию и даже организуют переписку с вымышленными родственниками. При этом девушки продолжают проходить боевую подготовку и готовятся выполнять приказы руководства. Ханна пробирается в центр вслед за Кларой, но оказывается вынуждена притворяться послушной воспитанницей. Здесь она знакомится с Сэнди и Джулс, чьё отношение к программе отличается. Сэнди охотно принимает правила и доверяет инструкторам, тогда как Джулс всё чаще задаёт вопросы. Джон Кармайкл, руководящий операциями, старается заставить Ханну забыть о прошлом. Однако она тайно ищет сведения о том, для чего создали целую группу подготовленных убийц. Ответ находится во время первых заданий. Сотрудницы «Утракса» должны устранять журналистов и людей, располагающих материалами о секретной организации. Ханна пытается помешать убийству в Лондоне, а затем отправляется в Барселону, где под угрозой оказывается Роберт Гелдер, получивший список будущих жертв. В операции участвуют Клара и Сэнди. Клара начинает сомневаться в правильности приказов, когда Ханна рассказывает, что её настоящая мать жива. После гибели Гелдера Ханна добывает документы, показывающие, ради чего существует «Утракс». За программой стоит организация «Пионер», руководители которой планируют уничтожать молодых людей, способных в будущем изменить политическую и общественную жизнь. Под видом обычных девушек выпускницы центра должны незаметно приближаться к намеченным жертвам. Марисса, узнав подробности, становится союзницей Ханны и помогает ей вынудить Кармайкла раскрыть имена руководителей. Клара тем временем уезжает на встречу с матерью. Чтобы разрушить «Пионер», Ханна и Марисса проводят опасную операцию изнутри. Кармайкл помогает им лишь до тех пор, пока это выгодно ему самому. Ханна встречается с предполагаемыми целями программы и старается предотвратить новые убийства. Во время одной из поездок она знакомится с Аббасом и впервые за долгое время позволяет себе представить жизнь, не связанную с побегами и тайными заданиями. Но преследователи узнают об их отношениях, и под угрозой оказывается также маленькая дочь Аббаса, Надия. Расследование приводит Мариссу к Гордону Эвансу, её собственному отцу и руководителю «Пионера». Оказывается, организация использует особую систему обработки информации для составления списков будущих жертв. Ханна и Марисса стремятся добыть доказательства и вывести систему из строя. По дороге им приходится сталкиваться с предательством Кармайкла, действиями вооружённых агентов и бывшими воспитанницами центра, которые продолжают выполнять смертельные приказы. Сэнди получает задание найти Ханну и устранить людей, способных рассказать правду об организации. Джулс пытается остановить её, когда понимает, что ради исполнения приказа Сэнди готова убить невиновных. Одновременно Марисса добирается до Эванса и вступает в вооружённое столкновение с ним. Она останавливает отца и срывает планы руководства, но полученные ранения оказываются смертельными. Для Ханны это становится ещё одной тяжёлой потерей. После разгрома «Пионера» Ханна больше не должна скрываться от людей, которые определяли её судьбу с самого рождения. Аббас предлагает ей остаться вместе, но девушка понимает, что сначала должна научиться жить самостоятельно. Она прощается с ним и Надией, принимает новую личность и отправляется в Бостон. Теперь Ханна впервые может выбирать своё будущее без указаний Эрика, Мариссы или сотрудников секретной программы.
