После отъезда Гвен и Кевина Бен Теннисон впервые за долгое время остаётся без привычной команды. Он уверен, что накопленного опыта достаточно, чтобы самостоятельно справляться с любыми противниками, которые появятся в Беллвуде. Дедушка Макс думает иначе. Он назначает Бену нового напарника, молодого Сантехника по имени Рук Блонко. Рук вырос далеко от Земли и совсем недавно завершил подготовку. Он дисциплинирован, внимательно относится к заданиям и предпочитает сначала составить план, а уже потом вступать в бой. Бен действует совершенно иначе. Он привык доверять Омнитриксу, быстро принимать решения и разбираться с последствиями уже после победы. Первые совместные задания превращаются для обоих в испытание. Руку приходится привыкать к непредсказуемому характеру Бена, а Бену учиться работать с человеком, который не собирается безоговорочно выполнять все его решения. Новому дуэту быстро находится работа. Под Беллвудом существует скрытый инопланетный город, о котором большинство жителей поверхности даже не подозревает. Здесь представители разных миров живут рядом, занимаются торговлей и иногда оказываются участниками преступлений, которыми занимаются Сантехники. Расследования приводят Бена и Рука к значительно более серьёзной угрозе. По следу Бена идёт Кайбер, один из опаснейших охотников в Галактике. Он умеет выслеживать практически любую добычу и использует для охоты приручённых существ с разных планет. Но Кайбер является лишь частью более крупного плана. С ним связан Малвер, энергетическое существо, которому требуется сила Омнитрикса. Бен снова оказывается перед противником, способным использовать особенности его главного оружия против него самого. При этом новый Омнитрикс ещё не раскрывает всех своих возможностей. В распоряжении Бена появляются неизвестные ему формы с совершенно разными способностями. Иногда устройство выбирает не того инопланетянина, которого он ожидал получить, и привычная атака превращается в необходимость срочно придумывать другой способ победить. Каждая новая миссия заставляет Бена лучше понимать возможности Омнитрикса. Рук в это время осваивается на Земле и учится понимать своего непредсказуемого напарника. Их приключения не ограничиваются настоящим. Отдельные события возвращают Бена во времена, когда ему было одиннадцать лет. Тогда он ещё путешествовал вместе с Гвен и дедушкой Максом и только начинал понимать, насколько большой стала его жизнь после появления Омнитрикса. Некоторые встречи из прошлого оказываются связаны с угрозами, возникающими спустя годы. Старые враги снова появляются на пути Бена, а последствия прежних приключений заставляют его возвращаться к решениям, о которых он давно забыл. Беллвуд становится лишь одной частью значительно большего мира. Бен и Рук отправляются в космос, посещают другие планеты и выполняют задания Сантехников там, где одного Омнитрикса уже недостаточно. Бену предстоит привыкнуть к новой команде и противникам, которые знают о его способностях гораздо больше, чем ему хотелось бы.
