Первое время агенту Джею кажется, что привыкнуть к работе в Людях в чёрном невозможно. Вчера он жил среди обычных людей, а теперь каждый день встречает существ с других планет и узнаёт тайны, которые организация скрывает от всего человечества. Нью-Йорк оказывается одним из мест, где инопланетяне давно стали частью городской жизни. Многие принимают человеческий облик, находят работу и годами ничем не привлекают к себе внимания. Задача Людей в чёрном заключается не в борьбе со всеми пришельцами. Организация следит за теми, кто живёт на Земле, помогает мирным гостям и вмешивается только тогда, когда кто-то нарушает установленные правила. Джей становится напарником агента Кея. Тот работает в организации много лет и способен определить опасного пришельца по признаку, который новый сотрудник даже не заметит. Кей старается научить напарника осторожности. В их работе нельзя сразу считать врагом существо только из-за странной внешности. Джей привык действовать иначе. Он быстро принимает решения, часто импровизирует и не любит долго ждать, когда ситуация требует немедленного вмешательства. Разница характеров регулярно становится причиной споров. Но во время заданий выясняется, что именно эти различия помогают им дополнять друг друга. Руководит агентами Зед. Из штаб-квартиры он получает информацию о подозрительных происшествиях и решает, кого отправить на проверку. Так Джей узнаёт, что за многими странными событиями в городе действительно стоят пришельцы. Необычное ограбление может оказаться попыткой достать инопланетное устройство, а за исчезновением человека иногда скрывается конфликт, начавшийся далеко за пределами Земли. Некоторые преступники специально прилетают сюда, рассчитывая затеряться среди миллионов жителей. Другие уже давно находятся на планете и используют свои способности для незаконного заработка. Джею и Кею приходится разбираться в каждом случае отдельно. Им важно не только поймать нарушителя, но и не позволить обычным людям узнать слишком много. Для случайных свидетелей существует нейрализатор. После его вспышки человек забывает увиденное, а агенты придумывают объяснение, которое не связано с пришельцами. Джей быстро обнаруживает, что именно эта часть работы требует особой фантазии. После некоторых происшествий придумать правдоподобную историю оказывается почти сложнее, чем остановить виновника. Но далеко не каждое дело заканчивается обычным задержанием. В распоряжении инопланетных преступников встречаются технологии, способные представлять опасность для целого города. Одним из самых серьёзных противников организации становится Альфа. Когда-то он сам носил чёрный костюм и работал вместе с Кеем. Позже Альфа предал организацию и начал использовать внеземные технологии для собственных целей. Знание внутренних правил делает его особенно опасным противником. Кей хорошо понимает, на что способен его бывший напарник. Для Джея противостояние с Альфой становится возможностью увидеть ту сторону организации, о которой сотрудники предпочитают не рассказывать новичкам. Старые ошибки возвращаются вместе с новыми угрозами. Некоторые противники знают о Людях в чёрном достаточно, чтобы обходить их системы наблюдения и заранее готовиться к появлению агентов. Но большинство заданий невозможно предугадать. Сегодня Джей и Кей могут искать пропавшего пришельца, завтра заниматься контрабандным оружием, а через день предотвращать конфликт между существами, которые привезли на Землю свои давние разногласия. Во время таких операций Джей узнаёт, насколько разнообразна жизнь за пределами планеты. У каждой расы существуют собственные привычки, законы и представления о допустимом. Не всё из этого легко понять человеку. Кей постоянно напоминает напарнику, что незнание чужих правил способно создать проблему там, где её можно было избежать. Сам Джей тоже многому учит Кея. Его способность находить неожиданный выход иногда оказывается полезнее многолетнего опыта и строгих инструкций. Со временем они начинают лучше понимать друг друга. Кей уже не пытается контролировать каждый шаг напарника, а Джей учится прислушиваться к предупреждениям человека, который пережил слишком много встреч с опасными пришельцами. И пока жители Нью-Йорка видят только обычный город, совсем рядом существует другой мир. В нём инопланетяне ходят по тем же улицам, космические преступники скрываются среди людей, а Джей и Кей следят, чтобы очередной межгалактический конфликт не превратился в проблему для всей Земли.
