Питер Паркер ведёт двойную жизнь. Днём он учится в университете, заботится о тёте Мэй и подрабатывает фотографом в газете «Дейли Бьюгл». Но после укуса радиоактивного паука молодой человек приобрёл сверхчеловеческую силу, способность передвигаться по стенам и чувствовать приближение опасности. Гибель дяди Бена заставила его пересмотреть отношение к собственным способностям и стать Человеком-пауком, который защищает жителей Нью-Йорка от преступников. Одним из первых серьёзных испытаний для Питера становится встреча с доктором Куртом Коннорсом. Учёный пытается восстановить потерянную руку с помощью экспериментальной сыворотки, но превращается в огромного Ящера. Человек-паук старается остановить его и найти противоядие, понимая, что за обликом чудовища скрывается человек, нуждающийся в помощи. Вскоре Питер сталкивается с другими опасными противниками. Доктор Осьминог использует механические щупальца для совершения преступлений, Скорпион пытается уничтожить Человека-паука, а Носорог и Шокер становятся участниками нападений на город. Постепенно выясняется, что за многими преступными операциями стоит Уилсон Фиск, известный как Кингпин. Он руководит подпольной организацией и использует научные разработки для укрепления собственной власти. Во время одного из приключений Питер получает необычный чёрный костюм, который оказывается живым инопланетным симбиотом. Существо усиливает его способности, но постепенно начинает влиять на поведение молодого человека. Осознав опасность, Питер избавляется от симбиота, однако тот соединяется с журналистом Эдди Броком. Так появляется Веном, который знает настоящую личность Человека-паука и стремится отомстить ему. В университете Питер продолжает общаться с Мэри Джейн Уотсон, Фелицией Харди и Гарри Озборном. Он пытается строить отношения с Мэри Джейн, но постоянные исчезновения и необходимость скрывать свою тайну становятся причиной недоразумений. Фелиция тем временем оказывается втянута в эксперименты, связанные с созданием суперсолдат, и получает способности Чёрной Кошки. Позднее она становится союзницей Человека-паука. Серьёзную угрозу представляет Норман Озборн, отец Гарри и руководитель крупной промышленной компании. После воздействия экспериментальных веществ он превращается в Зелёного гоблина, который использует высокотехнологичное оружие и устраивает нападения на Нью-Йорк. Во время одного из столкновений с Человеком-пауком Гоблин открывает пространственный портал, в котором исчезает Мэри Джейн. Питер долго пытается найти девушку, не зная, жива ли она. Когда Мэри Джейн неожиданно возвращается, он надеется восстановить прежние отношения. Они решают пожениться, однако вскоре выясняется, что вернувшаяся девушка является клоном, созданным профессором Майлзом Уорреном. Настоящая Мэри Джейн по-прежнему находится в неизвестном измерении. Тем временем в городе появляется Карнаж, возникший после соединения инопланетного симбиота с преступником Клетусом Кэседи. Его жестокость представляет опасность даже для Венома, который вынужден объединиться с Человеком-пауком. Вместе они пытаются остановить Карнажа, прежде чем тот причинит вред новым жертвам. Постепенно приключения Питера выходят далеко за пределы Нью-Йорка. Он встречает Людей Икс, Железного человека, Сорвиголову и других супергероев. Вместе с ними Человек-паук противостоит преступным организациям, опасным изобретениям и противникам, обладающим необычайной силой. Позднее могущественный Потусторонний переносит Питера на далёкую планету, где устраивает испытание с участием героев и злодеев. Человек-паук собирает команду союзников и пытается остановить противников, стремящихся захватить власть над чужим миром. После завершения испытания ему поручают ещё более сложное задание, связанное с угрозой существованию нескольких реальностей. Питер знакомится с альтернативными версиями самого себя, каждая из которых прожила совершенно другую жизнь. Среди них оказывается Человек-паук, объединившийся с Карнажем и намеренный уничтожить множество параллельных миров. Чтобы остановить его, героям приходится действовать сообща и искать способ предотвратить катастрофу. После победы Питер получает помощь мадам Паутины, которая знает о существовании других измерений. Она предлагает ему продолжить поиски настоящей Мэри Джейн. Человек-паук отправляется вслед за ней, надеясь наконец воссоединиться с девушкой, исчезнувшей во время битвы с Зелёным гоблином.
