Дана Скалли получает новое назначение в ФБР и отправляется в отдел, существование которого многие сотрудники считают странной прихотью одного агента. Здесь хранятся дела о событиях, которым полиция, военные и учёные так и не смогли найти убедительного объяснения. Отделом занимается Фокс Малдер. Среди коллег он известен своей верой в паранормальные явления и существование внеземной жизни. Малдер годами изучает сообщения о неопознанных объектах, похищениях людей и необъяснимых происшествиях. Для него это не только работа. Когда Малдер был ребёнком, его младшая сестра Саманта исчезла из семейного дома. Он помнит обстоятельства той ночи и считает, что её похитили силы внеземного происхождения. Скалли должна стать научным противовесом своему новому напарнику. Её медицинская подготовка позволяет проверять версии Малдера и искать рациональные причины происходящего. Но уже первые расследования показывают, что не каждому делу можно найти обычное объяснение. Агенты сталкиваются с людьми, обладающими необычными способностями, неизвестными существами, опасными экспериментами и преступлениями, в которых реальные факты кажутся невероятнее любых предположений. Малдер обычно первым допускает невозможное. Скалли проверяет доказательства и не позволяет ему принимать догадки за истину. Несмотря на постоянные разногласия, именно такой подход помогает им замечать детали, которые другие следователи пропускают. Некоторые расследования начинают указывать на существование более крупной тайны. Малдер обнаруживает признаки того, что информация о внеземной жизни давно известна определённым людям внутри правительства. Документы засекречиваются, свидетели исчезают, а найденные доказательства уничтожаются прежде, чем агенты успевают представить их официально. Одной из самых загадочных фигур становится Курильщик. Он появляется рядом с руководством ФБР и другими влиятельными людьми, наблюдает за расследованиями Малдера и вмешивается, когда агенты подходят слишком близко к информации, которую им не положено знать. Поиски сестры постепенно связываются для Малдера с этой системой секретов. А Скалли, которая должна была контролировать его работу, сама становится участницей расследований, способных поставить под угрозу её карьеру и жизнь. Каждое новое дело даёт им лишь часть ответа, пока кто-то внутри системы продолжает следить за тем, насколько близко агенты подобрались к правде.
