Скотт Саммерс и Джин Грей выглядят как обычные ученики старшей школы Бэйвилла. Их одноклассники не знают, что после занятий они возвращаются в институт профессора Чарльза Ксавьера, где учатся контролировать способности, появившиеся благодаря мутации. Скотт выпускает из глаз мощные энергетические лучи. Без специальных очков он практически не способен их сдерживать. Джин может перемещать предметы силой мысли и начинает обнаруживать у себя новые способности. Ксавьер готовит их к жизни в мире, который пока почти ничего не знает о мутантах. Вскоре в институте появляется Курт Вагнер. Синяя кожа и необычная внешность не позволяют ему свободно находиться среди людей. Для этого Курт использует специальное устройство, создающее человеческий облик. Его главная способность позволяет мгновенно телепортироваться на небольшие расстояния. Следующей ученицей становится Китти Прайд. Она обнаруживает, что способна проходить через стены, двери и другие твёрдые препятствия. Не понимая происходящего, девушка пугается собственной силы. Ксавьер помогает ей принять изменения и приглашает в институт. Обучением подростков занимаются не только профессор и Шторм. К ним присоединяется Росомаха. Логан значительно старше учеников и обладает большим боевым опытом. Его методы оказываются жёстче, но именно он учит молодых мутантов защищаться в настоящем сражении. Такие навыки вскоре становятся необходимыми. Магнето знает о существовании школы Ксавьера и собирает собственных последователей. Он не верит в возможность спокойной жизни рядом с обычными людьми. Вместо открытого появления Магнето действует через Мистик. Она получает возможность находиться рядом с учениками Бэйвилла и начинает собирать молодых мутантов. Так появляется Братство. Тодд Толански обладает способностями, напоминающими особенности жабы. Лэнс Альверс способен создавать мощные подземные толчки. Фред Дьюкс отличается огромной физической силой. Пьетро Максимофф движется с невероятной скоростью. Скотт и его друзья постоянно сталкиваются с ними в школе и за её пределами. При этом обеим сторонам приходится скрывать настоящую природу от обычных людей. Особое место в противостоянии занимает Роуг. Её способность активируется при прикосновении. Она может поглощать силы и воспоминания другого человека, но не умеет полностью контролировать этот процесс. Мистик старается использовать одиночество Роуг и привлечь её к Братству. Ксавьер пытается предложить девушке другой путь. Число мутантов продолжает расти. У каждого нового ученика способности проявляются по-разному, а вместе с ними появляются собственные проблемы. Кому-то трудно скрывать изменившуюся внешность. Кто-то не способен остановить силу после её активации. Другие воспринимают новые возможности как преимущество над обычными людьми. Ксавьер учит своих воспитанников ответственности. Магнето готовит собственных последователей к противостоянию. А между этими двумя сторонами находятся подростки, которым приходится одновременно разбираться со своими силами, учиться в обычной школе и решать, кем они хотят стать.
