1857 год. Британская Ост-Индская торговая компания обладает огромной властью в Индии и использует собственную армию для защиты своих интересов. В исправительной колонии Калпани заключённых заставляют строить необычный подводный корабль, получивший название «Наутилус». Среди заключённых находится Немо. Он не просто участвует в строительстве, но и разработал двигатель субмарины. Компания рассчитывает превратить новое судно в мощное оружие, однако у Немо совершенно другие планы. Когда-то он был индийским принцем Даккаром. Компания лишила его семьи, положения и свободы. Теперь Немо хочет выбраться из заключения и отомстить людям, которые разрушили его жизнь. Вместе с французским инженером Гюставом Бенуа он готовит побег. План приходится осуществить раньше времени, когда директор Кроули приказывает немедленно отправить «Наутилус» в Бомбей для дальнейшего переоборудования. Немо поднимает заключённых и захватывает субмарину. У него нет возможности тщательно подобрать команду, поэтому на борту оказываются люди с совершенно разным прошлым. Многие из них умеют сражаться, но практически ничего не знают об управлении сложным подводным кораблём. После побега «Наутилус» направляется к открытому морю. Компания быстро обнаруживает пропажу и отправляет за беглецами военный корабль «Дредноут». Кроули намерен вернуть ценную субмарину и расправиться с человеком, который посмел бросить ему вызов. Положение Немо осложняется после столкновения с другим судном. На борту «Наутилуса» оказываются новые пассажиры, среди которых Хьюмилити Лукас и её спутница Лоти. Хьюмилити с детства интересуется инженерным делом. Устройство необычной субмарины сразу привлекает её внимание, а полученные знания вскоре оказываются полезными для всей команды. Немо сначала не доверяет неожиданным пассажирам. У него есть собственная цель, и любые посторонние способны помешать задуманному. Но постепенно Хьюмилити становится одним из людей, на которых он может рассчитывать в сложной ситуации. Самой большой проблемой остаётся команда. Бывшие заключённые не выбирали Немо своим капитаном и не собираются беспрекословно выполнять его приказы. Ему приходится доказывать, что он способен не только придумать побег, но и провести людей через океан. Чтобы заинтересовать команду, Немо рассказывает о легендарном сокровище викингов, спрятанном у Столпов Халвара. Если они доберутся до него, каждый сможет получить достаточно денег, чтобы исчезнуть и начать новую жизнь. Путешествие превращается в погоню. «Дредноут» продолжает преследование, а экипажу «Наутилуса» приходится учиться управлять субмариной прямо во время бегства. Остановка на острове Караджан приносит новые неприятности. Местный раджа узнаёт в Немо принца Даккара, и тайна его происхождения становится известна остальным. Здесь же Немо узнаёт неприятную правду о собственном прошлом и событиях, которые позволили Компании получить власть над его родными землями. Дальнейший путь уводит команду всё дальше от знакомого мира. Недостаток еды заставляет людей высадиться на острове в поисках припасов. В море они сталкиваются с огромными существами, а повреждения субмарины несколько раз ставят экипаж на грань гибели. Огромный электрический угорь атакует «Наутилус» и выводит из строя часть оборудования. Вскоре судно оказывается рядом с цепью подводных вулканов. Температура повышается, управление работает плохо, а находящиеся внутри люди начинают заболевать. Именно тогда инженерные способности Хьюмилити становятся особенно важными. Но океан скрывает не только опасности. Команда обнаруживает следы, способные привести к легендарной Атлантиде. Для Бенуа возможность найти затерянный город становится почти такой же важной, как для Немо его собственная месть. Каждая новая остановка меняет отношения внутри экипажа. Люди, которые оказались на борту почти случайно, постепенно учатся действовать вместе. Немо тоже начинает понимать, что одной ненависти к Компании недостаточно, чтобы стать капитаном. Но отказываться от мести он не собирается. Кроули продолжает преследование, а Ост-Индская торговая компания намерена вернуть «Наутилус» любой ценой. Путешествие к сокровищам постепенно становится частью гораздо более опасного плана Немо, который хочет использовать созданную врагами субмарину против самой организации, отнявшей у него всё.
