Специальный агент Лерой Джетро Гиббс много лет занимается расследованием преступлений, связанных с Военно-морскими силами и Корпусом морской пехоты США. Бывший морской пехотинец переносит армейские привычки и на работу, поэтому от своей команды требует дисциплины, внимательности и полного выполнения поставленной задачи. Если погибает военнослужащий, пропадает секретная информация или преступление каким-либо образом связано с флотом, Гиббс вместе с агентами начинает расследование. Иногда им приходится разбираться с обычным убийством, а иногда след приводит к шпионам, террористам и угрозам национальной безопасности. Рядом с Гиббсом работает Энтони ДиНоззо. Он постоянно шутит, любит кино и нередко раздражает коллег своими выходками. Но во время расследований Тони быстро становится серьёзным и использует опыт, полученный за годы работы в полиции. Тимоти МакГи приходит в команду как специалист по компьютерным технологиям. Его знания помогают находить цифровые следы преступников, восстанавливать удалённые данные и получать информацию, которую невозможно обнаружить обычными методами. Позднее к группе присоединяется Элеонора Бишоп. Опыт работы аналитиком АНБ позволяет ей иначе смотреть на собранные сведения и замечать связи между событиями, которые первоначально кажутся совершенно независимыми. Агенты тесно сотрудничают с судмедэкспертами и криминалистами. Даже небольшая деталь, обнаруженная на одежде погибшего или найденная на месте преступления, может полностью изменить направление расследования. Гиббс предпочитает доверять не только уликам, но и собственному опыту. Он внимательно наблюдает за подозреваемыми и часто замечает ложь ещё до того, как команда получает необходимые доказательства. Работа регулярно приводит агентов в опасные ситуации. Им приходится участвовать в погонях, задерживать вооружённых преступников, проникать в закрытые организации и расследовать дела, связанные с секретными военными операциями. Некоторые преступления затрагивают прошлое самих сотрудников NCIS. Старые знакомые и противники возвращаются, а профессиональные обязанности начинают пересекаться с личной жизнью агентов. За годы совместной работы команда Гиббса превращается в близкий круг людей, привыкших рассчитывать друг на друга. Состав группы постепенно меняется, но главным правилом остаётся одно. Если дело касается одного из своих, остальные не прекращают поиски, пока не выяснят правду.
