Кейт Ранда пережила разрушение Сан-Франциско и не может избавиться от воспоминаний о Годзилле. Когда её отец Хироси исчезает, она едет в Токио и неожиданно узнаёт, что у него есть другая семья. Кэнтаро, её единокровный брат, сначала не желает помогать незнакомке. Однако найденные записи об организации «Монарх» заставляют их объединиться. К расследованию присоединяется Мэй. Следы Хироси ведут к давним наблюдениям за титанами и бывшему военному Ли Шоу, который много лет провёл под надзором собственных коллег. Шоу рассказывает о первых экспедициях с Кейко Миурой и Биллом Рандой. В середине прошлого века они обнаружили следы огромных существ и входы в подземный мир. Во время опасного исследования Кейко пропала, оставив маленького сына. Спустя десятилетия Кейт и её спутники попадают в пространство с иным течением времени и находят женщину живой. Для Кейко прошло гораздо меньше лет, чем для семьи, которую она оставила. Возвращение на поверхность оказывается связано с Островом Черепа, где обитает Конг. Позже Кейт пытается спасти оставшегося в подземном мире Шоу. Действия путешественников пробуждают нового титана, который выходит из разлома и вступает в схватку с Конгом. «Монарх» старается выяснить происхождение существа, а Кейко вспоминает встречу с похожим чудовищем во время прежней экспедиции. Кэнтаро и Мэй оказываются между планами исследователей и интересами компании «Апекс», рассчитывающей извлечь выгоду из силы титанов. Разобравшись в истории морского существа, Кейт понимает, что тот ищет украденное яйцо. Между тем гигант продолжает двигаться к Острову Черепа. Шоу и Кейко изучают путь через разлом, а Кэнтаро принимает предложение, которое может изменить их планы. Чтобы остановить новую катастрофу, Кейт пытается приблизиться к титану и вернуть яйцо, пока Конг не начал ещё одну схватку с опасным пришельцем из Оси Мира.