Леонардо, Рафаэль, Донателло и Микеланджело больше не хотят постоянно скрываться от людей. После недавних событий жители Нью-Йорка знают о существовании черепашек, поэтому перед братьями открывается совершенно новая жизнь. Теперь они могут посещать школу. То, что для обычного подростка кажется привычной частью каждого дня, для четырёх мутантов превращается в настоящее приключение. Черепашки знакомятся с одноклассниками, посещают уроки и пытаются найти своё место среди сверстников. При этом каждый из братьев относится к переменам по-своему. Леонардо по привычке считает себя ответственным за остальных. Он старается принимать правильные решения и быть настоящим лидером, но братья далеко не всегда готовы следовать его указаниям. Рафаэль предпочитает действовать самостоятельно и первым бросается навстречу опасности. Донателло больше доверяет технологиям и собственным изобретениям, а Микеланджело старается получать удовольствие от новых возможностей. Спокойная школьная жизнь длится недолго. В городе появляется противник, который начинает целенаправленно охотиться на мутантов. Для поиска своих целей враг использует опасных роботов. Черепашки быстро понимают, что сами находятся среди тех, за кем ведётся охота. Ситуация осложняется после разделения команды. Братья оказываются в разных частях города и больше не могут использовать привычную тактику совместного боя. Каждому приходится самостоятельно искать выход. Рафаэль рассчитывает на силу, Донателло пытается разобраться в технологиях противника, а Леонардо думает, как снова собрать братьев вместе. Микеланджело тоже сталкивается с собственными испытаниями. Его привычка относиться ко всему легко не всегда помогает, когда рядом нет братьев, готовых прийти на помощь. Во время своих приключений черепашки знакомятся с другими мутантами. Среди них оказываются как потенциальные друзья, так и те, кому доверять слишком опасно. Постепенно братья узнают, кто стоит за охотой и зачем противнику понадобились мутанты. Чтобы остановить его, им необходимо снова стать одной командой. Но даже после победы над очередной угрозой жизнь не возвращается к спокойствию. Нью-Йорк слишком велик, а его улицы постоянно подбрасывают черепашкам новые проблемы. Теперь братьям приходится одновременно учиться, разбираться в отношениях с окружающими и защищать город. Иногда для победы достаточно оружия и хорошей подготовки, но некоторые проблемы невозможно решить обычной дракой. Леонардо, Рафаэль, Донателло и Микеланджело постепенно понимают, что взросление тоже является частью их приключений. Они учатся действовать самостоятельно, но при этом стараются сохранить главное, что всегда делало их сильнее любых противников, свою связь друг с другом.
