После создания Сети Кевин Флинн поручает программе Клу помочь построить совершенный цифровой мир. Однако Клу начинает понимать поставленную задачу по-своему. Он решает, что добиться совершенства можно только установив полный контроль над системой. Клу захватывает власть и устраняет тех, кто способен ему помешать. Среди его главных противников оказывается Трон, программа, созданная для защиты Сети. После жестокой схватки Трон исчезает, и большинство жителей считает легендарного защитника погибшим. Проходят годы. Армия Клу постепенно подчиняет себе цифровые города, а в Аргоне устанавливается власть генерала Теслера. Его солдаты следят за населением и жестоко подавляют любые попытки сопротивления. Молодой механик Бек старается держаться подальше от политики. Он ремонтирует технику и проводит время с друзьями, пока однажды не сталкивается с жестокостью нового режима лично. После этого Бек понимает, что больше не хочет оставаться в стороне. Используя образ Трона, он совершает несколько нападений на силы Теслера. Неизвестный мститель быстро привлекает внимание жителей Аргона, которые начинают верить, что легендарный защитник вернулся. Но настоящий Трон действительно оказывается жив. После поражения он получил серьёзные повреждения и был вынужден скрываться. Наблюдая за действиями Бека, Трон замечает в нём качества, необходимые будущему защитнику Сети. Он начинает обучать молодого механика и готовит его к борьбе против Клу. Бек осваивает новые боевые навыки, учится пользоваться диском и участвует в опасных заданиях против армии захватчиков. При этом никто из друзей Бека не должен узнать, кем он стал. Днём он продолжает работать обычным механиком, а затем надевает костюм и отправляется срывать планы Теслера. Постепенно одиночные действия Бека перерастают в настоящее восстание. Теперь ему необходимо стать символом, способным объединить программы Сети и продолжить борьбу, которую когда-то начал Трон.
