Томас Андерсон ведёт жизнь, типичную для обитателя мегаполиса конца 1990-х годов: скучная работа в офисе крупной софтверной компании и бессонные ночи за монитором под псевдонимом Нео. Его не покидает ощущение, что с миром что-то не так — это чувство, «как заноза в мозгу», заставляет его искать встречи с легендарным террористом-хакером Морфеусом, который, по слухам, знает ответ на вопрос: «Что такое Матрица?». Сделав роковой выбор и приняв красную таблетку, Нео буквально «просыпается» в кошмарной реальности. Он узнает, что 2199 год, небо затянуто вечными тучами, а люди превращены в живые батарейки для питания разумных машин. Матрица — это всего лишь интерактивная галлюцинация, призванная держать рабов в повиновении. Морфеус верит, что Нео — «Избранный», тот самый пророк, способный менять код симуляции по своему желанию и положить конец войне. Начинается изнурительная подготовка: Нео загружает боевые искусства прямо в мозг и учится обходить законы физики внутри программы. Его главными врагами становятся Агенты — безжалостные защитные алгоритмы во главе с детерминированным мистером Смитом. В этой схватке Нео должен осознать, что границы реальности существуют лишь в его разуме. Только поверив в себя, он сможет остановить пули на лету и стать тем спасителем, в котором так нуждается горстка свободных людей, укрывшихся в последнем городе человечества — Зионе.